Zakład Klimatologii i Meteorologii powstał w 1952 r. jako jeden z dwóch Zakładów w Katedrze Geografii Fizycznej, w ramach Zespołu Katedr w Instytucie Geograficznym Uniwersytetu Jagiellońskiego. Jego organizatorem i kierownikiem został dr Władysław Milata, który po zakończeniu działań wojennych powrócił w 1946 r. do kraju i od 1947 r. prowadził badania klimatologiczne zmierzające do poznania stosunków klimatycznych w różnych regionach Polski Południowej. Głównymi kierunkami badań były szeroko pojęta makro-, mezo- i mikroklimatologia Polski Południowej oraz klimatologia obszarów górskich. Intensywny rozwój działalności naukowej prowadzonej w Zakładzie Klimatologii i Meteorologii przerwała przedwczesna śmierć doc. dra Władysława Milaty 25 grudnia 1954 r., w wieku zaledwie 43 lat.
Opiekunem Zakładu w 1955 r. został prof. Mieczysław Klimaszewski, który pełnił tę funkcję do 1965 r. W tym czasie odbywały się jedynie przewidziane programem studiów zajęcia dydaktyczne, prowadzone przez mgr Elżbietę Wierczek i mgr Marię Mizerę (dr M. Kłapowa).
Badania z zakresu meteorologii i klimatologii w Instytucie Geografii UJ zostały wznowione w 1959 r. przez ucznia doc. dra W. Milaty, wyspecjalizowanego w Leningradzie (Sankt Petersburg), dra M. Hessa. W kierowanym przez profesora M. Hessa Zakładzie Klimatologii i Meteorologii problematyka badawcza została znacznie rozszerzona. Do badań klimatu Karpat i ich przedpola włączono inne systemy górskie - Sudety, Alpy, góry Azji Środkowej. Zostały wytyczone nowe kierunki badań, takie jak: aktynometria, klimatologia miast i obszarów przemysłowych, wahania i zmiany klimatu, antropogeniczne oddziaływania na klimat, bioklimatologia. W latach 1974-1978 pracownicy Zakładu prowadzili badania w Mongolii. Wyjazdy pracowników na staże naukowe i konferencje umożliwiały nawiązanie kontaktów z licznymi zagranicznymi ośrodkami klimatologicznymi.
Nawiązując do tradycji badawczej Instytutu Geografii UJ, w której ważne miejsce zawsze zajmowały badania terenowe, prof. M. Hess był inicjatorem utworzenia Stacji Naukowej Zakładu Klimatologii w Gaiku Brzezowej k. Dobczyc. Stacja ta, położona na Pogórzu Wielickim, powstała w listopadzie 1963 r., a głównymi organizatorami badań byli Tadeusz Niedźwiedź, Barbara Obrębska-Starklowa i Zygmunt Olecki. Do 1997 r. Stacja działała w ramach Zakładu Klimatologii, a w 1997 r. uzyskała status jednostki Instytutu Geografii UJ. W roku 1976 do Zakładu Klimatologii została przyłączona Stacja Klimatologiczna, istniejąca przy Obserwatorium Astronomicznym UJ od 1792 roku. Wraz z nią do Zakładu zostały przekazane archiwalne materiały z obserwacji meteorologicznych.
Jesienią 1993 r. kierownictwo Zakładu Klimatologii objęła prof. dr hab. Barbara Obrębska-Starkel. Kierując Zakładem Klimatologii kontynuowała dotychczasowy program badawczy, rozszerzając go jednocześnie (zgodnie ze swoim głównym kierunkiem zainteresowań) o badania w dziedzinie bioklimatologii. Starała się utrzymywać i nawiązywać nowe kontakty z ośrodkami zagranicznymi. W 1995 r. przewodniczyła Komitetowi Organizacyjnemu Międzynarodowej Konferencji Climate Dynamics and the Global Change Perspective. Była także głównym organizatorem Międzynarodowej Konferencji Images and Reconstructions of Weather and Climate over the Last Millennium, zorganizowanej w Krakowie w 2000 r.
W 2003 r. funkcję kierownika Zakładu Klimatologii objęła prof. dr hab. Janina Bożena Trepińska. Program badawczy Zakładu Klimatologii, kształtowany przez kolejnych jego kierowników, podlegał ewolucji. Głównym trzonem tego programu były badania warunków klimatycznych obszarów górskich. Ich ukoronowaniem było wyróżnienie i charakterystyka pięter klimatycznych w polskich Karpatach Zachodnich, rozszerzone następnie na inne systemy górskie Europy i świata.
Po przejściu na emeryturę prof. dr hab. Janiny Trepińskiej kierownictwo Zakładu Klimatologii IGiGP UJ powierzono w grudniu 2007 roku prof. dr hab. Zbigniewowi Ustrnulowi. Dotychczasowy program badawczy Zakładu Klimatologii rozszerzony został o badania m.in. w dziedzinie klimatologii synoptycznej. Podtrzymywane i nawiązywane nowe kontakty z ośrodkami zagranicznymi zaowocowały w 2008 roku organizacją Międzynarodowej Konferencji Advances in Weather and Circulation Type Classifications & Applications (COST 733 Mid-term Conference), która odbyła się w dniach 22-25 października w Krakowie. W pracach Komitetu Organizacyjnego tej Konferencji brały również udział dr hab. Katarzyna Piotrowicz i dr Agnieszka Wypych.
Ważne miejsce w działalności Zakładu Klimatologii zajmuje kształcenie kadry naukowej. Od 2007 roku wypromowano ponad 94 magistrów i 2 doktorów w zakresie klimatologii (od początku istnienia Zakładu 387 magistrów, 31 doktorów). W ostatnim okresie kolejnych 4 pracowników Zakładu Klimatologii uzyskało stopień doktora habilitowanego na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi UJ: w dniu 9 stycznia 2007 roku dr Robert Twardosz na podstawie rozprawy Dobowy przebieg opadów atmosferycznych w ujęciu synoptycznym i probabilistycznym na przykładzie Krakowa (1886-2002), w dniu 7 grudnia 2010 roku dr Dorota Matuszko przedstawiając rozprawę Wpływ zachmurzenia na usłonecznienie i całkowite promieniowanie słoneczne na przykładzie krakowskiej serii pomiarów, w dniu 8 listopada 2011 roku dr Katarzyna Piotrowicz na podstawie rozprawy Sezonowa i wieloletnia zmienność typów pogody w Krakowie, a w tym samym roku w dniu 13 grudnia dr Anita Bokwa na podstawie rozprawy Wieloletnie zmiany struktury mezoklimatu miast na przykładzie Krakowa.
W roku 2010 została znacznie zmodernizowana meteorologiczna automatyczna stacja pomiarowa (ASP) działająca w ramach Stacji Naukowej Zakładu Klimatologii IGiGP UJ w Krakowie przy ul. Kopernika 27, zaś w 2011 roku na terenie Kampusu UJ roku założony został pełnowymiarowy ogródek meteorologiczny. Jest to już czwarty punkt pomiarowy działający w ramach IGiGP UJ. Jego zadaniem jest prowadzenie nie tylko pomiarów meteorologicznych, ale także pomiarów środowiskowych. Wyposażony jest w automatyczną stację pomiarową firmy A-ster, rozbudowaną w grudniu 2014 roku w ramach współpracy z Urzędem Miasta Krakowa i Oddziałem Krakowskim IMGW-PIB (projekt MONITAIR) o dodatkowe czujniki do pomiaru temperatury i wilgotności względnej powietrza oraz usłonecznienia. Ogródek meteorologiczny przygotowany jest do prowadzenia pomiarów profilu prędkości i kierunku wiatru za pomocą sodaru, na jego terenie znajduje się także poletko badań profilu termiczno-wilgotnościowego gleby. Pomiary prowadzone są również na dachu budynku IGiGP UJ, w początkowym okresie przez automatyczną stację pomiarową firmy Davis Vantage Pro2 zainstalowaną przez firmę Ecoclima w 2007 roku, następnie uzupełnione o wiatromierz soniczny (3D) (projekt MONITAIR).
Program zajęć dydaktycznych prowadzonych przez pracowników Zakładu z zakresu meteorologii i klimatologii jest bardzo bogaty i zróżnicowany, szczególnie w przypadku studiów II stopnia, gdzie od roku akademickiego 2012/2013 uruchomiono specjalność Hydrologia-Meteorologia-Klimatologia (HMK).
dr Leszek Kowanetz, dr hab. Z. Olecki
Wybrane publikacje na temat historii Zakładu Klimatologii
Klimaszewski M., 1954, Zespół Katedr Geografii UJ w Krakowie w latach 1944-1954, Prz. Geogr., 26, 3, 144-149.
Klimaszewski M., Wrzosek A., 1964, Zespół Katedr Geografii Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie w okresie XX-lecia PRL, Prz. Geogr., 36, 3, 537-548.
Mietelski J., 1997, Stacje meteorologiczne w obserwatoriach meteorologicznych, [w:] Wahania klimatu w Krakowie (1792-1995), J. Trepińska (red.), Inst. Geogr. UJ, Kraków, 15-34.
Obrębska-Starklowa B., Trepińska J., 1999, Meteorologia i klimatologia, [w:] Geografia w Uniwersytecie Jagiellońskim 1849-1999, t. III, Rozwój i dorobek nauk geograficznych w Uniwersytecie Jagiellońskim 1849-1999,
B. Kortus, A. Jackowski, K. Krzemień (red.), Inst. Geogr. UJ, Kraków, 3, 139-210.
Rojecki A., 1969, Główne kierunki badań naukowych i osiągnięcia dydaktyczne wyższych uczelni polskich w zakresie nauk geofizycznych w latach powojennych, Prz. Geofiz., 3-4, 267-287.